Negli spazi sottostanti il Santuario del Miracolo Eucaristico, al livello della piazza del Plebiscito, i lavori di recupero condotti nell’ultimo ventennio su alcuni locali già adibiti ad attività commerciali hanno reso possibile riportare alla luce una vasta aula coperta a botte con conci di pietra, databili alla fase medievale (XI-XII secolo), all’epoca dell’insediamento dei Benedettini, preesistente a quello dei Francescani, del 1252, identificabile con la chiesa dedicata a San Longino della quale restano anche alcuni frammenti di affreschi raffiguranti Sant’Antonio Abate e San Giovanni Battista e la testa di una Madonna, che faceva parte di una Crocifissione oggi perduta.

Sulla parete destra si apre un accesso nelle fondazioni della chiesa settecentesca dove, in alto, è visibile un affresco del XIV secolo raffigurante la Crocifissione e dal quale è possibile accedere ad un ambiente che conserva le tracce archeologiche di una cisterna romana.

A sinistra, invece, si accede alla vasta aula quadrangolare, un tempo sede della Confraternita dei Raccomandati, sottostante l’antica sagrestia di San Francesco, affrescata tra la fine del XV e gli inizi del secolo XVI con Scene dell’Apocalisse che sono state recuperate con un paziente lavoro di restauro dal 1990 al 2000.